Équipe

Quéméré Erwan

Chargé de Recherche
Thématique(s) :
Dynamique spatiale, connectivité, habitats et zones fonctionnelles
Interactions trophiques
Téléphone : +33 2 23 48 52 34 Email : erwan.quemere@inrae.fr
Adresse : UMR DECOD, 65 rue de Saint-Brieuc Bât. 15, CS 84215, 35042 Rennes Cedex, France
Mots-clés : cascades trophiques / Connectivité / Ecologie spatiale / Evolution adaptative / Inférence de réseaux / Interactions trophiques / Niche écologique / Stress abiotique / Traits d’histoire de vie / Algues / Barrages / Communautés / Ecosystèmes / Mammifères / Oiseaux / Poissons / Populations / Stratégies d’alimentation / Valeur sélective / ADNe / Génétique quantitative / Génomique

Compétences

Ecologie évolutive, biologie de la conservation, génétique quantitative, génétique des populations, génomique environnementale, ADN environnemental.

Parcours

  • 2020- actuellement : Chargé de recherche à l’INRAE de Rennes, UMR ESE
  • 2014 : Séjour de mobilité (1 an) à l’Université de Edimbourg avec Josephine Pemberton
  • 2012- 2019 : Chargé de recherche à l’INRAE de Toulouse, UR CEFS
  • 2010- 2011 : postdoc avec Sophie Launey et Jean-Luc Baglinière à l’INRAE de Rennes
  • 2008- 2009 : Attaché temporaire d’enseignement et de recherche, Université de Toulouse
  • 2005- 2009 : Thèse encadré par Lounès Chikhi à l’Université de Toulouse (laboratoire EDB)

Recherche

Thèmes de recherche

J’utilise des techniques de biologie moléculaire et des méthodes de génétique des populations et de génétique quantitative pour répondre à des questionnement d’écologie évolutive et biologie de la conservation. Je m’intéresse aux mécanismes écologiques et évolutifs (neutres et sélectifs) qui façonnent la variation génétique et phénotypique au sein des populations naturelles évoluant dans des paysages hétérogènes dominés par les activités humaines et marqués par des compromis entre acquisition des ressources et évitement des risques.

Ma recherche à l’INRAE de Toulouse (2012-2019) portait sur le déterminisme génétique et à l’évolution de traits morphologiques, d’histoire de vie, de comportement (notamment de mouvement et occupation de l’espace) au sein de populations d’ongulés sauvages. Mon projet de recherche à Rennes (2020-) est centré sur le déterminisme génétique et environnemental de la variation intra-spécifique des régimes alimentaires et stratégies d’acquisition de ressources de prédateurs à l’apex des réseaux : je cherche à comprendre comment les stratégies alimentaires de individus varient en fonction de leur environnement biotique et abiotique et de leurs caractéristiques génétiques et écologiques. L’enjeu est d’évaluer le type de réponse adaptative (plastique et/ou micro-évolutive) que les populations mettent en place en réponse aux perturbations anthropiques. Pour cela, je développe une approche de génétique quantitative en population naturelle basée sur des données d’apparentement génomiques. A l’échelle des communautés, j’étudie également les effets en cascade des variations de niches trophiques des prédateurs sur la structure des réseaux trophiques.

Je consacre aussi un part importante de mon activité de recherche au développement d’approches moléculaires « ADNe» (métabarcoding d’ADN dans des échantillons d’eau, de fèces ou de contenus stomacaux) pour caractériser les la composition des communautés de poissons ou invertébrés, faire le suivi d’espèce invasives ou pathogènes, évaluer la nature et l’intensité des interactions entre les communautés de proies et prédateurs dans des écosystèmes marins/d’eau douce, tempérés ou tropicaux (projet REZOFLEUVE, LAMINET).

Collaborations
  • Jean-Marc Roussel, Gilles Lassalle, Anne-Laure Besnard (INRAE ESE, Rennes)
  • Maxime Galan (INRAE CBGP, Montpellier)
  • Niklas Tysklind (INRAE ECOFOG, Kourou)
  • Simon Blanchet (CNRS SETE, Moulis)
  • Josephine Pemberton (Université d’Edimbourg)
  • Benoit Pujol (CNRS, CRIOBE, Perpignan)

 

Projets en cours

L’ADNe pour décrypter les interactions trophiques dans les forêts de laminaires de Bretagne

LAMINET

Période : 2019 -
Mots-clés : cascades trophiques / Interactions trophiques / Stabilité des réseaux / Stress abiotique / Communautés / Macroinvertébrés / Organes / Poissons / ADNe / Contenus stomacaux

Projets archivés

Conseil scientifique du département EFPA (2016-2020)

Co-animation du réseau INRAE ADN-0

Etudiants en Master

MORAZE, N. .(2021) .La maladie proliferative renale induit-elle une pression de selection sur la morphologie et la coloration melanique des truites fario ?

Etudiants en Doctorat

DUVAL, E. .(en cours) .Detection, distribution et impact de <i>Tetracapsuloides bryosalmonae</i> sur les populations de truites communes

Publications

Sélection de publications

Gervais Laura, Morellet Nicolas, David Ingrid, Hewison Mark, Réale Denis, Goulard Michel, Chaval yannick, Lourtet Bruno, Cargnelutti Bruno, Merlet Joel, Quéméré Erwan, Pujol Benoît (2022). Quantifying heritability and estimating evolutionary potential in the wild when individuals that share genes also share environments. Journal of Animal Ecology, Wiley, 2022, 12p. ⟨10.1111/1365-2656.13677⟩

Quéméré Erwan, Aucourd Marie, Troispoux Valérie, Brosse Sébastien, Murienne Jérôme, Covain Raphaël, Le Bail Pierre-yves, Olivier Jean, Tysklind Niklas, Galan Maxime (2021). Unraveling the dietary diversity of Neotropical top predators using scat DNA metabarcoding: A case study on the elusive Giant Otter. Environmental DNA, John Wiley & Sons Inc., 2021, 00, pp.1-12. ⟨10.1002/edn3.195⟩

Quéméré Erwan, Hessenauer Pauline, Galan Maxime, Fernandez Marie, Merlet Joël, Chaval yannick, Morellet Nicolas, Verheyden Hélène, Gilot‐fromont Emmanuelle, Charbonnel Nathalie (2021). Pathogen‐mediated selection favours the maintenance of innate immunity gene polymorphism in a widespread wild ungulate. Journal of Evolutionary Biology, Wiley, 2021, 34 (7), pp.1156-1166. ⟨10.1111/jeb.13876⟩

Duval Eloïse, Blanchet Simon, Jacquin Lisa, Veyssière Charlotte, Lautraite Armand, Garmendia Laurent, yotte Allan, Parthuisot Nathalie, Côte Jessica, Loot Géraldine, Quéméré Erwan (2021). Urine DNA (uDNA) as a non‐lethal method for endoparasite biomonitoring. Environmental DNA, John Wiley & Sons Inc., 2021, 3 (5), pp.1035-1045. ⟨10.1002/edn3.228⟩

Cheynel Louise, Gilot-Fromont Emmanuelle, Rey Benjamin, Quéméré Erwan, Débias François, Duhayer Jeanne, Pardonnet Sylvia, Pellerin Maryline, Gaillard Jean-Michel, Lemaître Jean-François (2021). Maternal effects shape offspring physiological condition but do not senesce in a wild mammal. Journal of Evolutionary Biology, Wiley, 2021, 34 (4), pp.661-670. ⟨10.1111/jeb.13768⟩

Cheynel Louise, Gilot-Fromont Emmanuelle, Rey Benjamin, Quéméré Erwan, Débias François, Duhayer Jeanne, Pardonnet Sylvia, Pellerin Maryline, Gaillard Jean‐michel, Lemaître Jean‐françois (2021). Maternal effects shape offspring physiological condition but do not senesce in a wild mammal. Journal of Evolutionary Biology, Wiley, 2021, 34 (4), pp.661-670. ⟨10.1111/jeb.13768⟩

Quéméré Erwan, Rossi Sophie, Petit Elodie, Marchand Pascal, Merlet Joel, Game yvette, Galan Maxime, Gilot-Fromont Emmanuelle (2020). Genetic epidemiology of the Alpine ibex reservoir of persistent and virulent brucellosis outbreak. Scientific Reports, Nature Publishing Group, 2020, 10 (1), pp.1-10. ⟨10.1038/s41598-020-61299-2⟩

Gervais Laura, Hewison A.J. Mark, Morellet Nicolas, Bernard Maria, Merlet Joel, Cargnelutti Bruno, Chaval Yannick, Pujol Benoît, Quéméré Erwan (2020). Pedigree‐free quantitative genetic approach provides evidence for heritability of movement tactics in wild roe deer. Journal of Evolutionary Biology, Wiley, 2020, ⟨10.1111/jeb.13594⟩

Parreira Bárbara, Quéméré Erwan, Vanpé Cécile, Carvalho Inês, Chikhi Lounès (2020). Genetic consequences of social structure in the golden-crowned sifaka. Heredity, Nature Publishing Group, 2020, 125 (5), pp.328-339. ⟨10.1038/s41437-020-0345-5⟩

Jong Menno, Li Zhipeng, Qin yanli, Quéméré Erwan, Baker Karis, Wang Wen, Hoelzel A. Rus (2020). Demography and adaptation promoting evolutionary transitions in a mammalian genus that diversified during the Pleistocene. Molecular Ecology, Wiley, In press, 00, ⟨10.1111/mec.15450⟩

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