QUÉMÉRÉ Erwan
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Chargé de Recherche Thématique(s) : Dynamique spatiale, connectivité, habitats et zones fonctionnelles
Interactions trophiques
Adresse : UMR DECOD, 65 rue de Saint-Brieuc Bât. 15, CS 84215, 35042 Rennes Cedex, France Mots-clés : cascades trophiques / Connectivité / Ecologie spatiale / Evolution adaptative / Inférence de réseaux / Interactions trophiques / Niche écologique / Stress abiotique / Traits d’histoire de vie / Algues / Barrages / Communautés / Ecosystèmes / Mammifères / Oiseaux / Poissons / Populations / Stratégies d’alimentation / Valeur sélective / ADNe / Génétique quantitative / Génomique  |
Compétences
Ecologie évolutive, biologie de la conservation, génétique quantitative, génétique des populations, génomique environnementale, ADN environnemental.
Parcours
- 2020- actuellement : Chargé de recherche à l’INRAE de Rennes, UMR ESE
- 2014 : Séjour de mobilité (1 an) à l’Université de Edimbourg avec Josephine Pemberton
- 2012- 2019 : Chargé de recherche à l’INRAE de Toulouse, UR CEFS
- 2010- 2011 : postdoc avec Sophie Launey et Jean-Luc Baglinière à l’INRAE de Rennes
- 2008- 2009 : Attaché temporaire d’enseignement et de recherche, Université de Toulouse
- 2005- 2009 : Thèse encadré par Lounès Chikhi à l’Université de Toulouse (laboratoire EDB)
Recherche
Thèmes de recherche
J’utilise des techniques de biologie moléculaire et des méthodes de génétique des populations et de génétique quantitative pour répondre à des questionnement d’écologie évolutive et biologie de la conservation. Je m’intéresse aux mécanismes écologiques et évolutifs (neutres et sélectifs) qui façonnent la variation génétique et phénotypique au sein des populations naturelles évoluant dans des paysages hétérogènes dominés par les activités humaines et marqués par des compromis entre acquisition des ressources et évitement des risques.
Ma recherche à l’INRAE de Toulouse (2012-2019) portait sur le déterminisme génétique et à l’évolution de traits morphologiques, d’histoire de vie, de comportement (notamment de mouvement et occupation de l’espace) au sein de populations d’ongulés sauvages. Mon projet de recherche à Rennes (2020-) est centré sur le déterminisme génétique et environnemental de la variation intra-spécifique des régimes alimentaires et stratégies d’acquisition de ressources de prédateurs à l’apex des réseaux : je cherche à comprendre comment les stratégies alimentaires de individus varient en fonction de leur environnement biotique et abiotique et de leurs caractéristiques génétiques et écologiques. L’enjeu est d’évaluer le type de réponse adaptative (plastique et/ou micro-évolutive) que les populations mettent en place en réponse aux perturbations anthropiques. Pour cela, je développe une approche de génétique quantitative en population naturelle basée sur des données d’apparentement génomiques. A l’échelle des communautés, j’étudie également les effets en cascade des variations de niches trophiques des prédateurs sur la structure des réseaux trophiques.
Je consacre aussi un part importante de mon activité de recherche au développement d’approches moléculaires « ADNe» (métabarcoding d’ADN dans des échantillons d’eau, de fèces ou de contenus stomacaux) pour caractériser les la composition des communautés de poissons ou invertébrés, faire le suivi d’espèce invasives ou pathogènes, évaluer la nature et l’intensité des interactions entre les communautés de proies et prédateurs dans des écosystèmes marins/d’eau douce, tempérés ou tropicaux (projet REZOFLEUVE, LAMINET).
Collaborations
- Jean-Marc Roussel, Gilles Lassalle, Anne-Laure Besnard (INRAE ESE, Rennes)
- Maxime Galan (INRAE CBGP, Montpellier)
- Niklas Tysklind (INRAE ECOFOG, Kourou)
- Simon Blanchet (CNRS SETE, Moulis)
- Josephine Pemberton (Université d’Edimbourg)
- Benoit Pujol (CNRS, CRIOBE, Perpignan)
Projets en cours
Etude multidisciplinaire de la restauration du fleuve Sélune après l'effacement de deux grands barrages | Période : 2012 - 2028 Mots-clés : Connectivité / Cycle de vie / Dynamique des populations / Ecologie spatiale / Fronts de colonisation / Habitats essentiels / Interactions trophiques / Invasions biologiques / Migration / Restauration / Barrages / Biofilms / Communautés / Dispersion / Ecosystèmes / Individus / Macroinvertébrés / Phytoplankton / Plantes / Poissons / Populations / ADNe / Analyses de séries temporelles / Biologging / Capture, échantillonnage et inventaire / Génétique quantitative / Hydroacoustique / Isotopes stables / Marquage-recapture / Télémétrie |
Combining environmental DNA sampling, whale watching and citizen science for stakeholder-driven marine biodiversity protection in the North-East Atlantic and the Mediterranean | Période : 2023 - 2025 Mots-clés : Ecologie spatiale / Evaluation / Niche écologique / Individus / Mammifères / Poissons / Populations / ADNe / Modélisation statistique |
L’ADNe pour décrypter les interactions trophiques dans les forêts de laminaires de Bretagne | Période : 2019 - 2024 Mots-clés : cascades trophiques / Interactions trophiques / Stabilité des réseaux / Stress abiotique / Communautés / Macroinvertébrés / Organes / Poissons / ADNe / Contenus stomacaux |
Un référentiel trophique des poissons et macro-invertébrés des fleuves de Guyane | Période : 2021 - 2024 Mots-clés : cascades trophiques / Interactions trophiques / Stabilité des réseaux / Macroinvertébrés / Poissons / ADNe / Isotopes stables |
Conseil scientifique du département EFPA (2016-2020)
Co-animation du réseau INRAE ADN-0
Etudiants en Master
ARNAULT, G-M. (2024). Evaluation des pratiques de publication des bases de données de références de code-barres ADN dans les études de métabarcoding : approche par méta-analyse.
TROUILLOT, L. (2023) Analyse d'ADN du contenu intestinal pour identifier la ségrégation des niches écologiques chez les espèces de poissons marins associées à l'écosystème de la forêt de laminaires en Bretagne
PICHEVIN, A. (2022) Relation entre la concentration d'ADNe dans l'eau et l'abandance/la biomasse des poissons marins : une étude pilote dans un aquarium public
MORAZE, N. (2021) .La maladie proliferative renale induit-elle une pression de selection sur la morphologie et la coloration melanique des truites fario ?
BOUROULT, C. (2022) Analyse génétique d'échantillons d'ADN environmental (ADNe) issus d'eau ou de contenus stomacaux
CONDACHOU, C. (2022) Métabarcodage de l'ADN du contenu stomacal de crustacés décapodes d'eau douce comme outil de surveillance de la biodiversité des poissons guyanais (METASHRIMP)
Etudiants en Doctorat
DUVAL, E. (2022) Détection, distribution et impacts du parasite émergent Tetracapsuloides bryosalmonae sur les populations sauvages de truite fario (Salmo trutta)
BONNET, B. (en cours). L’ADNe digestif pour décrypter la diversité, structure et résilience des écosystèmes aquatiques des grands fleuves de Guyane.
Publications
Sélection de publications
Bailet Bonnie, Leclerc Jean-Charles, de Bettignies Thibaut, Provost Pascal, Laurans Martial, Le Gall Line, Thiriet Pierre, Quéméré Erwan (2025). Diving deep into kelp forest food webs using dietary DNA metabarcoding. AquaEcomics 2025: Exploring Aquatic Ecology through Omics, INRAE CAARTEL; Université Savoie Mont-Blanc, Mar 2025, Evian-Les-Bains, France
Duval Eloïse, Blanchet Simon, Jacquin Lisa, Veyssière Charlotte, Loot Géraldine, Quéméré Erwan (2025). Eco‐evolutionary responses of a cold‐water fish (Salmo trutta) to the combined effects of an emerging pathogen and temperature. Functional Ecology, 2025, 39 (8), pp.2096 - 2110. ⟨10.1111/1365-2435.70105⟩
Quéméré Erwan, Raphalen Zoé, Besnard Anne-Laure, Vautier Marine, Nikolic Natacha (2025). Peut-on utiliser l’ADN environnemental pour le suivi quantitatif des populations de poissons migrateurs ?. Sciences Eaux & Territoires, 2025, 47, pp.8475. ⟨10.20870/Revue-SET.2025.47.8475⟩
Bonnet Baptiste, Condachou Céline, Lassalle Gilles, Besnard Anne-Laure, Roussel Jean-Marc, Covain Raphaël, Le Bail Pierre-Yves, Vigouroux Régis, Murienne Jérôme, Brosse Sébastien, Lalagüe Hadrien, Quéméré Erwan (2025). Enhancing neotropical fish monitoring using dietary DNA of detrivorous natural samplers. ID-ADN : L'ADN pour identifier et suivre la biodiversité : avancées, méthodes et données pour la recherche, les collections et les politiques publiques, Nov 2025, Paris, France
Bailet Bonnie, Leclerc Jean‐charles, de Bettignies Thibaut, Provost Pascal, Turpin Yannis, Laurans Martial, Derrien-Courtel Sandrine, Thiriet Pierre, Quéméré Erwan (2025). Diving deep into kelp forest food webs using dietary DNA metabarcoding. 14th International Temperate Reefs Symposium, Jul 2025, Brest, France.
Bazin Alan, Beauverger Thibaut, Acou Anthony, Amilien Flavie, Bernez Ivan, Besnard Anne-Laure, Boinet Christophe, Brosset Pablo, Cheve Manuel, Cormy Gaetan, Coudreuse Julie, Desroy Nicolas, Druet Morgan, Feunteun Éric, Clément Fugère, Gorget Ninon, Gorzerino Caroline, Lamoureux Jézabel, Lanoë Elven, Le Berre Thomas, Le Bris Hervé, Martignac François, Michelot Armand, Pannard Alexandrine, Petit Eric, Piscart Christophe, Prod’homme Jordane, Quéméré Erwan, Robin Emma, Roussel Jean-Marc, Soissons Laura M., Teichert Nils, Tremblay Julien, Véron Leslie, Marchand Frédéric, Boulenger Clarisse (2025). Rapport d'activités 2024 de l'Observatoire des biocénoses aquatiques de la Sélune. INRAE. 2025, 67 p
Rodriguez Lauren Kelly, de Bonis Lorenzo, Mckee Jack, Mckenna James, Urvois Teddy, Barbaccia Eleonora, Dillane Eileen, Lanfredi Caterina, Hjellnes Helene, Jung Armelle, Villa Enrico, Azzellino Arianna, Westgaard Jon-Ivar, Quéméré Erwan, Thalinger Bettina (2025). Inter-laboratory ring test for environmental DNA extraction protocols: implications for marine megafauna detection using three novel qPCR assays. Metabarcoding and Metagenomics, 2025, 9, ⟨10.3897/mbmg.9.128235⟩
Quéméré Erwan, Bailet Bonnie, de Bettignies Thibaut, Provost Pascal, Yannis Turpin, Laurans Martial, Le Gall Line, Thiriet Pierre, Leclerc Jean-Charles (2024). Diving deep into kelp forest food webs using dietary DNA metabarcoding. SFE2, International Congress in Ecology and Evolution, Nov 2024, Lyon, France
Lasne Emilien, Martignac François, Quéméré Erwan, Raphalen Zoé, Druet Morgan, Tremblay Julien, Evanno Guillaume, Soissons Laura, Beaulaton Laurent, Roussel Jean-Marc (2024). A toolbox to assess the spatio-temporal dynamics of Atlantic salmon recolonization after dam removal on the Sélune River (Normandy, France). 15th International Symposium on Ecohydraulics and Fish Passage, May 2024, Quebec, Canada
Lasne Emilien, Martignac François, Quéméré Erwan, Raphalen Zoé, Bazin Alan, Druet Morgan, Tremblay Julien, Evanno Guillaume, Soissons Laura, Beaulaton Laurent, Roussel Jean-Marc (2024). A toolbox to assess the spatio-temporal dynamics of Atlantic salmon recolonization after dam removal on the Sélune River (Normandy, France). Free Flow Conference, Apr 2024, Groningen, Netherlands