Équipe

QUÉMÉRÉ Erwan

Chargé de Recherche
Thématique(s) :
Dynamique spatiale, connectivité, habitats et zones fonctionnelles
Interactions trophiques
Téléphone : +33 2 23 48 52 34 Email : erwan.quemere@inrae.fr
Adresse : UMR DECOD, 65 rue de Saint-Brieuc Bât. 15, CS 84215, 35042 Rennes Cedex, France
Mots-clés : cascades trophiques / Connectivité / Ecologie spatiale / Evolution adaptative / Inférence de réseaux / Interactions trophiques / Niche écologique / Stress abiotique / Traits d’histoire de vie / Algues / Barrages / Communautés / Ecosystèmes / Mammifères / Oiseaux / Poissons / Populations / Stratégies d’alimentation / Valeur sélective / ADNe / Génétique quantitative / Génomique

Compétences

Ecologie évolutive, biologie de la conservation, génétique quantitative, génétique des populations, génomique environnementale, ADN environnemental.

Parcours

  • 2020- actuellement : Chargé de recherche à l’INRAE de Rennes, UMR ESE
  • 2014 : Séjour de mobilité (1 an) à l’Université de Edimbourg avec Josephine Pemberton
  • 2012- 2019 : Chargé de recherche à l’INRAE de Toulouse, UR CEFS
  • 2010- 2011 : postdoc avec Sophie Launey et Jean-Luc Baglinière à l’INRAE de Rennes
  • 2008- 2009 : Attaché temporaire d’enseignement et de recherche, Université de Toulouse
  • 2005- 2009 : Thèse encadré par Lounès Chikhi à l’Université de Toulouse (laboratoire EDB)

Recherche

Thèmes de recherche

J’utilise des techniques de biologie moléculaire et des méthodes de génétique des populations et de génétique quantitative pour répondre à des questionnement d’écologie évolutive et biologie de la conservation. Je m’intéresse aux mécanismes écologiques et évolutifs (neutres et sélectifs) qui façonnent la variation génétique et phénotypique au sein des populations naturelles évoluant dans des paysages hétérogènes dominés par les activités humaines et marqués par des compromis entre acquisition des ressources et évitement des risques.

Ma recherche à l’INRAE de Toulouse (2012-2019) portait sur le déterminisme génétique et à l’évolution de traits morphologiques, d’histoire de vie, de comportement (notamment de mouvement et occupation de l’espace) au sein de populations d’ongulés sauvages. Mon projet de recherche à Rennes (2020-) est centré sur le déterminisme génétique et environnemental de la variation intra-spécifique des régimes alimentaires et stratégies d’acquisition de ressources de prédateurs à l’apex des réseaux : je cherche à comprendre comment les stratégies alimentaires de individus varient en fonction de leur environnement biotique et abiotique et de leurs caractéristiques génétiques et écologiques. L’enjeu est d’évaluer le type de réponse adaptative (plastique et/ou micro-évolutive) que les populations mettent en place en réponse aux perturbations anthropiques. Pour cela, je développe une approche de génétique quantitative en population naturelle basée sur des données d’apparentement génomiques. A l’échelle des communautés, j’étudie également les effets en cascade des variations de niches trophiques des prédateurs sur la structure des réseaux trophiques.

Je consacre aussi un part importante de mon activité de recherche au développement d’approches moléculaires « ADNe» (métabarcoding d’ADN dans des échantillons d’eau, de fèces ou de contenus stomacaux) pour caractériser les la composition des communautés de poissons ou invertébrés, faire le suivi d’espèce invasives ou pathogènes, évaluer la nature et l’intensité des interactions entre les communautés de proies et prédateurs dans des écosystèmes marins/d’eau douce, tempérés ou tropicaux (projet REZOFLEUVE, LAMINET).

Collaborations
  • Jean-Marc Roussel, Gilles Lassalle, Anne-Laure Besnard (INRAE ESE, Rennes)
  • Maxime Galan (INRAE CBGP, Montpellier)
  • Niklas Tysklind (INRAE ECOFOG, Kourou)
  • Simon Blanchet (CNRS SETE, Moulis)
  • Josephine Pemberton (Université d’Edimbourg)
  • Benoit Pujol (CNRS, CRIOBE, Perpignan)

 

Projets en cours

Etude multidisciplinaire de la restauration du fleuve Sélune après l'effacement de deux grands barrages

SELUNE

Période : 2012 - 2028
Mots-clés : Connectivité / Cycle de vie / Dynamique des populations / Ecologie spatiale / Fronts de colonisation / Habitats essentiels / Interactions trophiques / Invasions biologiques / Migration / Restauration / Barrages / Biofilms / Communautés / Dispersion / Ecosystèmes / Individus / Macroinvertébrés / Phytoplankton / Plantes / Poissons / Populations / ADNe / Analyses de séries temporelles / Biologging / Capture, échantillonnage et inventaire / Génétique quantitative / Hydroacoustique / Isotopes stables / Marquage-recapture / Télémétrie

Combining environmental DNA sampling, whale watching and citizen science for stakeholder-driven marine biodiversity protection in the North-East Atlantic and the Mediterranean

eWHALE

Période : 2023 - 2025
Mots-clés : Ecologie spatiale / Evaluation / Niche écologique / Individus / Mammifères / Poissons / Populations / ADNe / Modélisation statistique

L’ADNe pour décrypter les interactions trophiques dans les forêts de laminaires de Bretagne

LAMINET

Période : 2019 - 2024
Mots-clés : cascades trophiques / Interactions trophiques / Stabilité des réseaux / Stress abiotique / Communautés / Macroinvertébrés / Organes / Poissons / ADNe / Contenus stomacaux

Un référentiel trophique des poissons et macro-invertébrés des fleuves de Guyane

REZOFLEUVE

Période : 2021 - 2024
Mots-clés : cascades trophiques / Interactions trophiques / Stabilité des réseaux / Macroinvertébrés / Poissons / ADNe / Isotopes stables

Projets archivés

Conseil scientifique du département EFPA (2016-2020)

Co-animation du réseau INRAE ADN-0

Etudiants en Master

ARNAULT, G-M. (2024). Evaluation des pratiques de publication des bases de données de références de code-barres ADN dans les études de métabarcoding : approche par méta-analyse.

TROUILLOT, L. (2023) Analyse d'ADN du contenu intestinal pour identifier la ségrégation des niches écologiques chez les espèces de poissons marins associées à l'écosystème de la forêt de laminaires en Bretagne

PICHEVIN, A. (2022) Relation entre la concentration d'ADNe dans l'eau et l'abandance/la biomasse des poissons marins : une étude pilote dans un aquarium public

MORAZE, N. (2021) .La maladie proliferative renale induit-elle une pression de selection sur la morphologie et la coloration melanique des truites fario ?

BOUROULT, C. (2022) Analyse génétique d'échantillons d'ADN environmental (ADNe) issus d'eau ou de contenus stomacaux

CONDACHOU, C. (2022) Métabarcodage de l'ADN du contenu stomacal de crustacés décapodes d'eau douce comme outil de surveillance de la biodiversité des poissons guyanais (METASHRIMP)

Etudiants en Doctorat

DUVAL, E. (2022) Détection, distribution et impacts du parasite émergent Tetracapsuloides bryosalmonae sur les populations sauvages de truite fario (Salmo trutta)

BONNET, B. (en cours). L’ADNe digestif pour décrypter la diversité, structure et résilience des écosystèmes aquatiques des grands fleuves de Guyane.

Publications

Sélection de publications

Lambert Sébastien, Thébault Anne, Anselme-Martin Stéphane, Calenge Clément, Dunoyer Charlotte, Freddi Luca, Garin-Bastuji Bruno, Guyonnaud Benoit, Hars Jean, Marchand Pascal, Payne Ariane, Petit Élodie, Ponsart Claire, Quéméré Erwan, Toïgo Carole, van de Wiele Anne, Rossi Sophie, Gilot-Fromont Emmanuelle (2023). Brucellosis in Alpine ibex: 10 years of research and expert assessments. Médecine/Sciences, 2023, 39 (10), pp.722-731. ⟨10.1051/medsci/2023132⟩

Gouthier Laurine, Duval Eloïse, Blanchet Simon, Loot Géraldine, Veyssière Charlotte, Galan Maxime, Quéméré Erwan, Jacquin Lisa (2023). Spatial Patterns of Neutral and Functional Genetic Variations along Dendritic Networks of Riverscape in Brown Trout Populations. Diversity, 2023, 15 (6), pp.784. ⟨10.3390/d15060784⟩

Duval Eloïse, Quéméré Erwan, Loot Géraldine, Jacquin Lisa, Veyssière Charlotte, Blanchet Simon (2022). A multifaceted index of population health to detect risk-prone populations and underlying stressors in wildlife. Biological Conservation, Elsevier, 2022, 274, pp.109706. ⟨10.1016/j.biocon.2022.109706⟩

Semel Brandon, Karpanty Sarah, Semel Meredith, Stauffer Dean, Quéméré Erwan, Walters Jeffrey, Andrianiaina Angelo, Rakotonanahary Ando, Ranaivoson Tamby, Rasolonirina Dimbisoa, Vololonirina Faramalala (2022). Highly Variable Densities and a Decline in Critically Endangered Golden-Crowned Sifaka (Propithecus tattersalli) Abundance from 2008–2018. International Journal of Primatology, Springer Verlag, In press, ⟨10.1007/s10764-022-00314-x⟩

Gervais Laura, Morellet Nicolas, David Ingrid, Hewison Mark, Réale Denis, Goulard Michel, Chaval yannick, Lourtet Bruno, Cargnelutti Bruno, Merlet Joel, Quéméré Erwan, Pujol Benoît (2022). Quantifying heritability and estimating evolutionary potential in the wild when individuals that share genes also share environments. Journal of Animal Ecology, Wiley, 2022, 12p. ⟨10.1111/1365-2656.13677⟩

Quéméré Erwan, Aucourd Marie, Troispoux Valérie, Brosse Sébastien, Murienne Jérôme, Covain Raphaël, Le Bail Pierre-yves, Olivier Jean, Tysklind Niklas, Galan Maxime (2021). Unraveling the dietary diversity of Neotropical top predators using scat DNA metabarcoding: A case study on the elusive Giant Otter. Environmental DNA, John Wiley & Sons Inc., 2021, 00, pp.1-12. ⟨10.1002/edn3.195⟩

Quéméré Erwan, Hessenauer Pauline, Galan Maxime, Fernandez Marie, Merlet Joël, Chaval yannick, Morellet Nicolas, Verheyden Hélène, Gilot‐fromont Emmanuelle, Charbonnel Nathalie (2021). Pathogen‐mediated selection favours the maintenance of innate immunity gene polymorphism in a widespread wild ungulate. Journal of Evolutionary Biology, Wiley, 2021, 34 (7), pp.1156-1166. ⟨10.1111/jeb.13876⟩

Duval Eloïse, Blanchet Simon, Jacquin Lisa, Veyssière Charlotte, Lautraite Armand, Garmendia Laurent, yotte Allan, Parthuisot Nathalie, Côte Jessica, Loot Géraldine, Quéméré Erwan (2021). Urine DNA (uDNA) as a non‐lethal method for endoparasite biomonitoring. Environmental DNA, John Wiley & Sons Inc., 2021, 3 (5), pp.1035-1045. ⟨10.1002/edn3.228⟩

Cheynel Louise, Gilot-Fromont Emmanuelle, Rey Benjamin, Quéméré Erwan, Débias François, Duhayer Jeanne, Pardonnet Sylvia, Pellerin Maryline, Gaillard Jean-Michel, Lemaître Jean-François (2021). Maternal effects shape offspring physiological condition but do not senesce in a wild mammal. Journal of Evolutionary Biology, Wiley, 2021, 34 (4), pp.661-670. ⟨10.1111/jeb.13768⟩

Cheynel Louise, Gilot-Fromont Emmanuelle, Rey Benjamin, Quéméré Erwan, Débias François, Duhayer Jeanne, Pardonnet Sylvia, Pellerin Maryline, Gaillard Jean‐michel, Lemaître Jean‐françois (2021). Maternal effects shape offspring physiological condition but do not senesce in a wild mammal. Journal of Evolutionary Biology, Wiley, 2021, 34 (4), pp.661-670. ⟨10.1111/jeb.13768⟩

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