Équipe

STOECKEL Solenn

Chargé de Recherche Thématique(s) : Dynamique des population, cycles de vie, écologie et évolution Pressions multiples, impacts et évaluation de l’état écologique Aide à la décision pour la conservation, la restauration et la gestion durable des écosystèmes Email : solenn.stoeckel@inrae.fr Adresse : UMR DECOD, 65 rue de Saint-Brieuc Bât. 15 , CS 84215, 35042 Rennes Cedex, France Mots-clés : Adaptation / Connectivité / Dérive génétique / Dynamique des populations / Ecologie spatiale / Evolution adaptative / Invasions biologiques / Migration / Algues / Changement climatique / Dispersion / Individus / Macroinvertébrés / Analyses de séries temporelles

Recherche

Mes recherches contribuent à comprendre comment des traits biologiques émergent, se maintiennent, déclinent et disparaissent dans les populations, sous les effets conjoints de forces évolutives stochastiques, transientes ou stables.

Je m’intéresse dans ce cadre à caractériser les dynamiques de la diversité génétique et phénotypique de populations et des processus biologiques intrinsèques, extrinsèques et environnementaux qui orientent le devenir d’espèces et de communautés biologiques d’intérêts pour la bonne santé des écosystèmes et des activités humaines.

Pour de nombreuses espèces, étudier ces questions par des observations directes et des suivis d’individus dans leurs environnements est inenvisageable humainement et matériellement. C’est pourquoi je développe des modèles, méthodes et études utilisant les identités génétiques entre lignées d’individus et la diversité génétique mesurée au sein des individus et dans les populations comme abstraction plus universelle pour étudier les processus écologiques et évolutifs.

Thématiques de recherche

Pour étudier les dynamiques évolutives d’espèces contemporaines et de leurs interactions, je développe des études théoriques et appliquées en

• Génétique des populations
• Démogénétique
• Biologie des populations
• Ecologie des populations
• Analyses de parenté et d'apparentement
  

Mes questionnements de recherche portent plus particulièrement sur :

• Les impacts et l’évolution des modes de reproductions (clonalité partielle, allogamie, autogamie, allogamie incluant les systèmes d’auto-incompatibilité) et des cycles de vie compartimentés car ceux-ci contrôlent la façon dont les caractères héritables sont transmis à travers les générations et dans les dimensions spatiales.
• La modélisation algorithmique et mathématique des trajectoires évolutives de suivis de populations, de façon à fournir les outils et méthodologie pour les analyser, en prédire le devenir et en inférer les paramètres. La majorité des études de biologie des populations travaillent et suivent des populations précises au cours du temps et dans l’espace, et leurs trajectoires ne peuvent être correctement prédites et inférées en utilisant des sorties de modèles attendues en moyenne.
• Les effets et impacts de la sélection comme une force stochastique (variable dans les temps et l’espace ; plutôt que modélisée et interprétée comme une force évolutive stable et déterministe) sur le devenir de la diversité génétique et l’évolution de traits biologiques
• L’impact des activités humaines et des actions de gestion de populations importantes pour les écosystèmes et le développement humain sur leurs trajectoires écologiques et évolutives ; Et en retour, sur l’adaptation des pratiques humaines en réponses aux dynamiques éco-évolutives de ces espèces.
• Les impacts environnementaux sur la biodiversité des populations et communautés dans les environnements dulçaquicoles et côtiers.

Collaborations

• UMR DECOD : Dominique Barloy, Eric Petit, Marie-Agnès Coutellec, Eric Edeline (Projet FEDER Jussies, projet Hi-Plex, Spabio)
• UMR IGEPP, équipe Démécologie : Lucie Mieuzet, Lydia Bousset, Nicolas Parisey, Jean-Sébastien Pierre, Didier Andrivon ; Projets ANR Endurance, INRAE-SPE Genomix)
• Jean-Pierre Masson, Jurgen Angst, Florent Malrieu (ANR Clonix2D)
• Fabien Halkett (ANR Endurance et Clonix2D, UMR IAM, INRAE Nancy)
• Sophie Arnaud-Haond (ANR Clonix2D, UMR MARBEC, Ifremer Sète)
• Myriam Valero (ANR Clonix2D, UMI EBEA, Roscoff)
• Stacy Krueger-Hadfield (Clonix2D, NSF-CARREER Life-cycles, Virginia Institute of Marine Science)
• Marie-Laure Guillemin (ANR Clonix2D, Conocyt Algues, Universidad Austral de Chile)
• Ekaterina Bocharova (projet Metchnikov Sea-anemones)
• Hélène Guérin (ANR Clonix2D, UCQAM)

Projets en cours

• ANR Clonix2D
• ANR ENDURANCE
• NSF-CARREER At The Convergence of Life Cycles and Reproduction
• FEDER Jussies
• SPE-INRAE Genomix

Encadrements

• Master : 12 
  
• Thèses : 16
  

Autres informations :

https://cv.hal.science/solenn-stoeckel

https://scholar.google.com/citations?user=9_ngu_IAAAAJ

https://forgemia.inra.fr/solenn.stoeckel

Expertises

• Biologie : Le génotypage d’individus et de populations (ADN et toutes marques héréditaires) ; La biométrie ; Le phénotypage biologique et comportementale d’individus ; le suivi spatio-temporel d’individus, de populations et de mesures environnementales ;
• Mathématiques : Les probabilités ; La combinatoire et la théorie des graphes ; La topologie ; La géométrie et la trigonométrie ; Les calculs différentiels ; Les statistiques bayésiennes et l’apprentissage automatique supervisé ; L’analyses de séries temporelles.
• Calcul numérique : Les algorithmes bit et qubit ; Les calculs haut-débit (parallélisation, GP-GPU) ; L’optimisation de code aux architectures matérielles et logicielles ; Les systèmes embarqués.

Enseignements

• Modèles aléatoires, probabilités et méthodes statistiques associées en biologie des populations
• Génétique et génomique des populations, forensic génétique
• Évolution des modes de reproduction
• Calculs numériques scientifiques intensifs, programmation et algorithmie
• Analyses statistiques supervisées à base de vraisemblance issues de modèles mécanistes explicites et stochastiques
• Épistémologie, l’histoire des sciences et de leurs gouvernances

Publications

Sélection de publications

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