MARTIGNAC François
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Ingénieur de recherche Thématique(s) : Dynamique spatiale, connectivité, habitats et zones fonctionnelles
Pressions multiples, impacts et évaluation de l’état écologique
Adresse : UMR DECOD, 65 rue de Saint-Brieuc, Bât. 19 , CS 84215, 35042 Rennes Cedex, France Mots-clés : Connectivité / Poissons / Hydroacoustique  |
Compétences
Hydroacoustique, écologie aquatique, ichtyologie, continuité écologique, hydrobiologie
Parcours
- Depuis 2019 : Ingénieur de Recherche INRAE, UMR ESE, Rennes
- 2018-2019 : Consultant indépendant en hydrobiologie et hydroacoustique, Rennes
- 2017-2018 : Ingénieur de Recherche contractuel INRAE, UMR ESE, Rennes
- 2010-2017 : Chargé d’études, bureau d’études ASCONIT CONSULTANTS, Nantes, dont thèse de doctorat (2013-2016), encadrée par J. Guillard, J.L. Baglinière et D. Ombredane
Recherche
Thèmes de recherche
Mon activité de recherche s’inscrit à l’interface entre recherche appliquée et recherche fondamentale. Les projets dans lesquels je suis impliqué ont pour objectif d’améliorer les connaissances biologiques relatives à l’ichtyofaune en développant des techniques innovantes, telles que les méthodes hydroacoustiques, et en favorisant leur utilisation par la communauté scientifique et par les gestionnaires des milieux aquatiques. Non intrusives, peu soumises aux conditions environnementales et transposables, les méthodes acoustiques apparaissent comme des outils complémentaires pertinents, voire des alternatives efficaces, pour acquérir des données difficilement accessibles par le biais des techniques utilisées actuellement pour le suivi de la faune aquatique.
Au sein du pôle migrateurs OFB – INRAE –L'institut Agro-Agrocampus Ouest – UPPA, mes travaux s’intéressent particulièrement à l’analyse des dynamiques de migration, de la phénologie et des mécanismes dispersions des espèces de poissons diadromes, dans un contexte de restauration des continuités écologiques, notamment fluviales, et de changements globaux. Ma spécialisation en hydroacoustique m’amène à mettre en application ces nouvelles techniques dans différents milieux : cours d’eau, estuaires ou sur le littoral, avec des outils adaptés aux contraintes environnementales et aux questions scientifiques (caméras acoustiques à la portée limitée mais à la résolution proche d’une vidéo subaquatique dans les milieux peu profonds, échosondeurs à faisceau partagé en utilisation verticale et mobile dans des profondeurs plus importantes).
Collaborations
- UMR CARRTEL, INRAE - Université Savoie Mont-Blanc, Thonon-les-Bains, France
- LPO, Réserve Naturelle Nationale des Sept-Iles, Perros-Guirec, France
- UMR LETG, CNRS - Université de Rennes 2, Rennes, France
- Environment Agency, Warrington, Angleterre
- Natural Resources Wales, Cardiff, Pays de Galles
- Membre de l'ICES Working Group on Fisheries Acoustics, Science and Technology
Projets en cours
Automatisation de l’analyse de données des caméras acoustiques par réseaux de neurones convolutifs (CNN) | Période : 2019 - Mots-clés : Caméra acoustique ARIS, Automatisation, Réseaux de neurones convolutifs, Deep-learning |
Etude multidisciplinaire de la restauration du fleuve Sélune après l'effacement de deux grands barrages | Période : 2012 - 2028 Mots-clés : Connectivité / Cycle de vie / Dynamique des populations / Ecologie spatiale / Fronts de colonisation / Habitats essentiels / Interactions trophiques / Invasions biologiques / Migration / Restauration / Barrages / Biofilms / Communautés / Dispersion / Ecosystèmes / Individus / Macroinvertébrés / Phytoplankton / Plantes / Poissons / Populations / ADNe / Analyses de séries temporelles / Biologging / Capture, échantillonnage et inventaire / Génétique quantitative / Hydroacoustique / Isotopes stables / Marquage-recapture / Télémétrie |
Etudiants en Master
HERSANT, M. (2021) .Identification automatique des especes de poissons par intelligence artificielle sur des videos acoustiques
NEDELEC, R. (2021) .Comportement et utilisation de l'habitat par le saumon adulte de retour en riviere, sur la Selune
DADURE, R. (2020) .Suivi de la migration de reproduction des aloses dans la Selune par radiopistage et hydroacoustique
MOUGET, A. (2016) .Utilisation d'une camera acoustique pour etudier la population de saumons aquatiques (Salmo salar) de la Selune
BONNIN, A. (2015) .Utilisation d?une camera acoustique pour suivre les populations de lamproies marines (<I>Petromyzon marinus</I>) de la Selune
LEBEAUD, A. (2022) Amélioration des connaissances relatives aux flux de migration du saumon atlantique dans un petit fleuve côtier normand
BEDJRA, J-K (2023) Mise au point d'échantillonnage des habitats par échosondeur
Publications
Sélection de publications
Jaballah Sami, Fernandez Garcia Guglielmo, Martignac François, Parisey Nicolas, Jumel Stéphane, Roussel Jean-Marc, Dézerald Olivier (2023). A deep learning approach to detect and identify live freshwater macroinvertebrates. Aquatic Ecology, 2023, 57 (4), pp.933-949. ⟨10.1007/s10452-023-10053-7⟩
Le Quinio Azénor, de Oliveira Eric, Girard Alexandre, Guillard Jean, Roussel Jean-Marc, Zaoui Fabrice, Martignac François (2023). Automatic detection, identification and counting of anguilliform fish using in situ acoustic camera data: Development of a cross-camera morphological analysis approach. PLoS ONE, 2023, 18 (2), pp.e0273588. ⟨10.1371/journal.pone.0273588⟩
Fernandez Garcia Guglielmo, Corpetti Thomas, Nevoux Marie, Beaulaton Laurent, Martignac François (2023). AcousticIA, a deep neural network for multi-species fish detection using multiple models of acoustic cameras. Aquatic Ecology, 2023, ⟨10.1007/s10452-023-10004-2⟩
Bellon-Maurel Véronique, Lutton Evelyne, Bisquert Pierre, Brossard Ludovic, Chambaron Stephanie, Labarthe Pierre, Lagacherie Philippe, Martignac François, Molenat Jérôme, Parisey Nicolas, Picault Sébastien, Piot-Lepetit Isabelle, Veissier Isabelle (2022). Digital revolution for the agroecological transition of food systems: a responsible research and innovation perspective. Agricultural Systems, 2022, 203, pp.103524. ⟨10.1016/j.agsy.2022.103524⟩
Le Quinio Azénor, de Oliveira Eric, Girard Alexandre, Guillard Jean, Roussel Jean-Marc, Zaoui Fabrice, Martignac François (2022). Automatic detection, identification and counting of anguilliform fish using in situ acoustic camera data: development of a cross-camera morphological analysis approach. BioRxiv, In press, ⟨10.1101/2022.08.11.503684⟩
Martignac François, Baglinière Jean-Luc, Ombredane Dominique, Guillard Jean (2021). Efficiency of automatic analyses of fish passages detected by an acoustic camera using Sonar5-Pro. Aquatic Living Resources, 2021, 34 (2), 10 p. ⟨10.1051/alr/2021020⟩
Martignac François, Beaulaton Laurent (2021). Acquisition d’une caméra acoustique BluePrint Oculus M750d. OFB; Inrae. 2021, 20 p
Martignac François, Beaulaton Laurent (2021). Tests de performance de la caméra acoustique BluePrint Oculus M750d. Fiche synthèse, Inrae; OFB. 2021, 2 p
Fernandez Garcia Guglielmo, Martignac François, Nevoux Marie, Beaulaton Laurent, Corpetti Thomas (2021). A deep neural network for multi-species fish detection using multiple acoustic cameras. 2021
Druet Morgan, Rault Pablo, Acou Antony, Azam Didier, Bardonnet Agnes, Lasne Emilien, Evanno Guillaume, Feunteun Eric, Launey Sophie, Lizé Anne, Martignac François, Nevoux Marie, Prod’homme Jordane, Emma Robin, Teichert Nils, Petit Eric, Marchand Frédéric (2021). Dispersion et (re)colonisation du cours de la Sélune et de ses affluents : terminer un état de référence pour les poissons migrateurs amphihalins et anticiper l’expansion spatiale de l’écrevisse de Californie. [Rapport de recherche] Convention n°1078068, Agence de l'Eau Seine-Normandie. 2021, pp.30