ERA
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Evaluer la dégradation de l'ARN/ADN environnementale sur des Approches de métabarcoding et de ddPCR en conditions contrôlées |
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La mise en place de parcs éoliens en mer se développe dans le monde entier afin d'accroître l'offre en énergie renouvelable. L'évaluation des incidences sur l'environnement et la mise en place de suivi environnementaux sont des conditions préalables à la construction, à l'exploitation et au démantèlement d'installations offshore tel que celui prévu sur le site de Bretagne Sud au large de Belle-Île-en-Mer. Le suivi des populations marines tels que les poissons repose sur des méthodes d’échantillonnage traditionnelles comme le chalutage de fond. Ces méthodes demeurent limitées en raison de leur inefficacité pour capturer certaines espèces, des dommages qu'elles peuvent causer et, surtout, de l'accessibilité de l'habitat, le chalutage de fond étant impossible dans les habitats rocheux ainsi que dans les parcs éoliens. Les approches moléculaires comme l’ADN environnementale (ADNe) et plus récemment l’ARN environnementale sont de plus en plus considérées comme complémentaires ou une alternative possible aux méthodes de surveillance actuellement utilisées.
Pour vérifier l'utilité et l'efficacité du métabarcoding de l'ADN/ARNe dans la caractérisation des communautés avec une forte acuité spatio-temporelle, il est nécessaire d'évaluer la persistance et la dynamique de dégradation de l'ADNe et de l'ARNe. Des séries temporelles d'échantillons d'eau provenant de trois bassins de l'aquarium Oceanopolis de Brest contenant plusieurs espèces seront réalisées avec des amorces optimisées pour les poissons et invertébrés. Le métabarcoding ne permet pas de déterminer avec précision l'abondance des molécules d'ADN/ARNe dans l'eau, car les nombres de copies obtenus sont influencés par de nombreux facteurs au cours de l'analyse (ajustement des amorces, etc.). En d'autres termes, l'obtention d'un plus grand nombre de séquences lues pour une espèce ne signifie pas nécessairement qu'une plus grande quantité d'ADN/ARNe de cette espèce était présente dans l'eau. Pour compléter l'expérience nous ciblerons deux espèces d'intérêt halieutiques avec des amorces spécifiques pour estimer l'abondance d'ARNe et ADNe à travers une approche de ddPCR.
Personnes impliquées
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FABRI-RUIZ Salomé, Chercheure
Email : salome.fabri.ruiz@ifremer.fr |
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MARCHAND Laëtita,
Téléphone : 0240374078 Email : laetitia.marchand@ifremer.fr |
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TRENKEL Verena, chercheur
Email : verena.trenkel@ifremer.fr |
Financements
Financements-FR : Carnot-Mers