MARTIGNAC François
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Scientist Theme(s) : Spatial dynamics, connectivity, habitat and functional area
Ecosystems assessment and multiple anthrophic pressure
Address: UMR DECOD, 65 rue de Saint-Brieuc, Bât. 19 , CS 84215, 35042 Rennes Cedex, France Keywords: Hydrobiology, Hydroacoustics, Diadromous fish, Ecological continuity  |
Expertise
Hydroacoustics, Aquatic ecology, Ichthyology, Ecological continuity, Hydrobiology
Career
- Since 2022: Coordinator of the Savoir-Faire scientic pillar
- Since 2019: Research Engineer, INRAE, UMR ESE, Rennes
- 2018-2019: Hydrobiology and hydroacoustics independent consultant, Rennes
- 2017-2018: Research Engineer, INRAE, UMR ESE, Rennes
- 2010-2017: Hydrobiology consultant, ASCONIT CONSULTANTS, Nantes (2013 to 2016: Ph.D. student, supervised by J. Guillard, J.L. Baglinière et D. Ombredane
Research
Current Research Topics
My research is at the interface between applied and basic research. The projects in which I am involved aim to improve biological knowledge of fish fauna by developing innovative methods, such as hydroacoustics, and by promoting their use by scientists and managers of aquatic environments. The techniques are non-intrusive, transposable, and are not highly influenced by environmental conditions. Consequently, they are relevant additional tools, or effective alternative methods, to acquire data that are difficult to access using the techniques currently used to monitor aquatic fauna.
Within the OFB – INRAE – L'institut Agro/Agrocampus Ouest – UPPA research centre, my work focuses on analysing migration dynamics, phenology and the dispersal mechanisms of diadromous fish, in the context of ecological connectivity restoration, especially in rivers, and global changes. My expertise in hydroacoustic methods enables me to use these innovative techniques in different environments (rivers, estuaries, coastal or marine) with tools adapted to the constraints and scientific issues. Acoustic cameras, due to their limited range and their fine image resolution, are commonly used horizontally in shallow water, whereas split-beam echosounders are more adapted in vertical and mobile surveys at greater depths.
Collaborations
- CARRTEL Research Unit, INRAE - Université Savoie Mont-Blanc, Thonon-les-Bains, France
- LPO, Réserve Naturelle Nationale des Sept-Iles, Perros-Guirec, France
- UMR LETG, CNRS - Université de Rennes 2, Rennes, France
- Environment Agency, Warrington, Angleterre
- Natural Resources Wales, Cardiff, Pays de Galles
- ICES Working Group on Fisheries Acoustics, Science and Technology member
Current projects
Automatic analysis of acoustic camera data with Convolutional Neural Networks (CNN) | Timeframe : 2019 - Keywords : Caméra acoustique ARIS, Automatisation, Réseaux de neurones convolutifs, Deep-learning |
SELUNE Multidisciplinary study of the Selune river restoration following the removal of two large dams | Timeframe : 2012 - 2028 Keywords : Connectivité / Cycle de vie / Dynamique des populations / Ecologie spatiale / Fronts de colonisation / Habitats essentiels / Interactions trophiques / Invasions biologiques / Migration / Restauration / Barrages / Biofilms / Communautés / Dispersion / Ecosystèmes / Individus / Macroinvertébrés / Phytoplankton / Plantes / Poissons / Populations / ADNe / Analyses de séries temporelles / Biologging / Capture, échantillonnage et inventaire / Génétique quantitative / Hydroacoustique / Isotopes stables / Marquage-recapture / Télémétrie |
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M.Sc. Students
Lecomte Titouan. (2025). Identification des pathologies sur photos de migrateurs amphihalins par analyse d’images
Ourida Ghena. (2025). Une approche combinant vision par ordinateur et apprentissage profond pour extraire les tailles des poissons à partir d’images de caisses débarquées en criée
BAAIZ, S. (2024) Amélioration des connaissances relatives à la phénologie de migration des anguilles argentées sur un fleuve côtier à l'aide de deux méthodes complémentaires
BEDJRA, J-K (2023) Mise au point d'échantillonnage des habitats par échosondeur
HERSANT, M. (2021) .Identification automatique des especes de poissons par intelligence artificielle sur des videos acoustiques
NEDELEC, R. (2021) .Comportement et utilisation de l'habitat par le saumon adulte de retour en riviere, sur la Selune
DADURE, R. (2020) .Suivi de la migration de reproduction des aloses dans la Selune par radiopistage et hydroacoustique
MOUGET, A. (2016) .Utilisation d'une camera acoustique pour etudier la population de saumons aquatiques (Salmo salar) de la Selune
BONNIN, A. (2015) .Utilisation d?une camera acoustique pour suivre les populations de lamproies marines (<I>Petromyzon marinus</I>) de la Selune
LEBEAUD, A. (2022) Amélioration des connaissances relatives aux flux de migration du saumon atlantique dans un petit fleuve côtier normand
Publications
Selection of Scientific Products
Martignac François, Fernandez-Garcia Guglielmo, Corpetti Thomas, Nevoux Marie, Beaulaton Laurent (2025). Automatisation de l’analyse de données des caméras acoustiques par un réseau de neurones convolutifs. Sciences Eaux & Territoires, 2025, 47, pp.7983. ⟨10.20870/Revue-SET.2025.47.7983⟩
Walter Hugo, Gorzerino Caroline, Collinet Marc, Porcon Béatrice, Martignac François, Edeline Eric (2025). PlanktonFlow : hands-on deep-learning classification of plankton images for biologists. 2025
Gorzerino Caroline, Walter Hugo, Edeline Eric, Martignac François (2025). PlanktonFlow76 - A curated FlowCam dataset for plankton classification. 2025, ⟨10.5281/zenodo.16840846⟩
Bazin Alan, Beauverger Thibaut, Acou Anthony, Amilien Flavie, Bernez Ivan, Besnard Anne-Laure, Boinet Christophe, Brosset Pablo, Cheve Manuel, Cormy Gaetan, Coudreuse Julie, Desroy Nicolas, Druet Morgan, Feunteun Éric, Clément Fugère, Gorget Ninon, Gorzerino Caroline, Lamoureux Jézabel, Lanoë Elven, Le Berre Thomas, Le Bris Hervé, Martignac François, Michelot Armand, Pannard Alexandrine, Petit Eric, Piscart Christophe, Prod’homme Jordane, Quéméré Erwan, Robin Emma, Roussel Jean-Marc, Soissons Laura M., Teichert Nils, Tremblay Julien, Véron Leslie, Marchand Frédéric, Boulenger Clarisse (2025). Rapport d'activités 2024 de l'Observatoire des biocénoses aquatiques de la Sélune. INRAE. 2025, 67 p
Godeaux Quentin, Rogissart Hervé, Goulon Chloé, Guillard Jean, Martignac François, Rautureau Clément (2025). Fish-tracker, a user-friendly tool for efficiently processing acoustic camera datasets.. Institut National de Recherche pour l'Agrgriculture, l'Alimentation et l'Environnement (INRAE). 2025
Sugpatan Abangan Alexa, Simon Victor, Morandeau Fabien, Martignac François, Kopp Dorothée, Faillettaz Robin (2025). European seabass, Dicentrarchus labrax, show no significant response to infrared light. Journal of Fish Biology, 2025, ⟨10.1111/jfb.70038⟩
Lasne Émilien, Forget Guillaume, Anfray Mathieu, Chaubet Théo, Deroyer Kevin, Michelot Armand, Tremblay Julien, Martignac François (2025). Combining telemetry and biologging to study the ecophysiological response of migratory to anthropogenic pressures. Sciences Eaux & Territoires, 47, pp.8443, 2025, ⟨10.20870/Revue-SET.2025.47.8443⟩
Lasne Emilien, Martignac François, Quéméré Erwan, Raphalen Zoé, Druet Morgan, Tremblay Julien, Evanno Guillaume, Soissons Laura, Beaulaton Laurent, Roussel Jean-Marc (2024). A toolbox to assess the spatio-temporal dynamics of Atlantic salmon recolonization after dam removal on the Sélune River (Normandy, France). 15th International Symposium on Ecohydraulics and Fish Passage, May 2024, Quebec, Canada
Lasne Emilien, Martignac François, Quéméré Erwan, Raphalen Zoé, Bazin Alan, Druet Morgan, Tremblay Julien, Evanno Guillaume, Soissons Laura, Beaulaton Laurent, Roussel Jean-Marc (2024). A toolbox to assess the spatio-temporal dynamics of Atlantic salmon recolonization after dam removal on the Sélune River (Normandy, France). Free Flow Conference, Apr 2024, Groningen, Netherlands
Castagné Paul, Martignac François, Santoul Frédéric, Blanchet Simon, Loot Géraldine (2024). Development of a duplex ddPCR assay for detection of the endangered European eels in the diet of the invasive European catfish. Knowledge and Management of Aquatic Ecosystems, 2024, 22 (425), pp.24. ⟨10.1051/kmae/2024020⟩